La Filosofía del IIHUABJO se conforma por una misión, visión y valores.
El Instituto de Investigaciones en Humanidades de la UABJO promueve realizar investigación en las áreas de Historia, la Educación, Cultura, la Política, la Filosofía, la Literatura y la Historia del Arte, generando conocimientos que contribuyan al desarrollo del pensamiento humanístico en el Estado de Oaxaca, a la par que forma profesionales de calidad a nivel de Licenciatura y Posgrado, quienes, a través de la docencia, la investigación y la difusión, preservan y transmiten la tradición humanística.
En 2020, ser una unidad académica consolidada que genera investigación relevante en el campo de las Humanidades, en los estados de la región Pacifico-Sur, al tiempo que forma profesionales competentes en las áreas de Filosofía, Historia, Literatura e Historia del Arte, a nivel licenciatura y posgrado; todo sustentado en procesos académicos y administrativos reconocidos por su calidad.